Манастир је први пут обновљен 1559. године. Запис о његовој обнови сведочи да је у манастирском винограду на Дабровцу, пре обнове манастира, била келија у којој је живео игуман Пајсије, заједно са братијом. Уз залагање оца Пајсија и монаха Арсенија и Генадије из Папраће, манастир је обновљен, а радови су трајали од Васкрса 1559. до Божића 1560. године.

Троношки игуман Јован је 1571. године основао преписивачку радионицу у којој су преписиване богослужбене књиге и молитвеници. Монах Јефрем је исте године преписао четири Минеја, од којих се данас три налазе у Шишатовцу, а један у Кијеву. Познато је да је, године 1604, у немирним ратним временима, у овом манастиру преписиван и познати Троношки родослов, који је писао јеромонах Јосиф. У Троношком родослову је представљена тужна историја српских владара, Косовска вечера, Косовски бој и славна погибија српских витезова, преузета из старих манастирских књига. Овај родослов рођен је са жељом да се не заборави српска историја, подржи и подстакне српско родољубље. Као скромно, али значајно дело, завршено је 1791. године и убрзо стигло у градове широм Европе, ширећи славу манастира Троноше.

Поред спаљивања, манастир је пропадао и због дотрајалости и невремена.

У једном запису из 1625. године, помиње се захтев у коме је тражена и добијена помоћ од царске Русије за реновирање манастира. Тако су по помоћ отпутовали у Русију игуман Михаило који је добио 47 рубаља, његов синовац Милош 4 рубље и „чорни поп Дамаскин” 7 рубаља. Они су са собом понели и мошти светог Јакова Персијанца које су до тада биле у Троноши.

Уследио је нови, Аустро-турски рат који је са собом донео и нове невоље по манастир и братију. Троноша је у то време издржавала један аустријски одред од око 1000 војника, који је четири месеца боравио у манастиру. У овом покрету највише се истакао млади архимандрит Стефан Јовановић, родом из села Текериша, који се борио на страни Аустроугарске у биткама под Соколом и Београдом и залагао да се српско питање повољно реши дипломатским путем. Архимандрит Стефан учествовао је на Илирском конгресу у Темишвару као делегат Подриња и захтевао аутономију за Србију. Чак, 22. фебруара 1790, у име народа Јадра, Рађевине, шабачке и ваљевске нахије, архимандрит Стефан пише, преко Митрополита Мојсеја Путника, писмо гувернеру Србије фелдмаршалу Валису у којој моли за заштиту Аустроугарске за свој крај, и моли за помоћ од 1000 пешака и 200 катана, са 4 до 5 топова. Балис је ову молбу проследио ратном савету у Бечу, а савет је 3. марта известио карловачког митрополита Мојсија Петровића да ће Срби добити тражену заштиту. Верујући, архимандрит Стефан прелази у Сремске Карловце 9. марта и саставља меморандум о помоћи Србима у оружју, како би се Срби сами бранили од Турака, али уместо помоћи, додељују му 200 форинти. У Срему је дочекао потписивање Свиштовског мира и проглашење амнестије. Марта 1791. године, непуну годину дана након проглашења амнестије, Турци упадају у манастир, растерују братију и ђаке, а јеромонаха Мојсеја, који је мењао архимандрита Стефана, посекоше на црквеним дверима. Коришћењем амнестије, архимандрит Стефан се враћа у свој манастир, са уверењем да се српски народ може ослободити само сопственим снагама. Гладне 1799. године, свестан своје жртве, са вером и надом у Бога, архимандрит Стефан одлази Капетан-паши у Зворник и моли да српском народу позајми проју. Паша одби молбу и нареди своме лекару Грку Јанку да стави Стефану отров у кафу. Тако је Архимандрит Стефан Јовановић, самовољно жртвовао свој живот за српски народ и упокојио се у 40. години живота у Зворнику. Братија је његово тело пренела и сахранила у Троношки метох. Његову прву биографију написао је некадашњи манастирски ђак Вук Стефановић Караџић. Као десетогодишњи дечак, Вук Стефановић Караџић је учио школу у манастиру, а уједно и помагао око манастирских послова. Радознало је разгледао фреске у цркви, слушао појање и беседе и учио писмо и читао текстове са старијим калуђерима, иако је то знао вештије од већине. Како је у том периоду, харала куга, а дечак био болешљикав, било га је ризично слати оштрим канџама куге, што је навело Вуковог оца Стефана да дечака испише из школе, а као разлог предочи тешке манастирске послове.

Стефан Јовановић је „био врло прикладан човек: раста танка и висока, лица бела и весела, косе смеђе, образи дугуљасти... Свагда је о великим празницима народ поучавао у цркви: да не краду један од другога; да не лажу један другога, да не иду Турцима на тужбу за сваке беспослице – да их Турци затварају и глобљавају;...он је, истина, као калуђер, од богатих узимао милостињу, али је сиромасима врло радо давао, на пример - жито, о Божићу печенице, уз Белу недељу сира... голоме кошуљу или какву аљину; а сиромаху, који нема чим да плати орача или порезе, и новца.“ Ове године, СПЦ га је прогласила за светитеља Цркве Христове и слави се 17. септембра као преподобни Стефан Троношки (Стефан Јадранин).

Пар година касније, 1814. године, у знак одмазде, манастир бива поново спаљен од стране Турака. Обнова је текла споро и као градивни материјал коришћен је ломљени камен. Рађена у рашком стилу , састављена од базилике у облику крста са кубетом који се диже из централног дела као најзначајнија тачка архитектонског система. Једино је звоник рађен у барокном стилу. Унутрашњост цркве је живописана, за шта су заслужени мајстор Михаило Константиновић и Никола Јанковић из Охрида. Иконостас је оживљен орнаментима са мотивима руже са престоном иконом Господа Исуса Христа, која је највећа у целој цркви и скоро потпуно захвата горњи део кубета и коју је радио сликар А. Ђаковић, 1866. године, као и икону Богородице. Поред поменутих, у цркви су настале и фреске Стефана Немање, краља Драгутина и краљице Каталине, кнеза Лазара, цара Константина и друге. Исте године је уведен и обичај да се сваке године, на Велики четвртак прилажу две свеће дугачке 2m и пречника 20cm, које теже 50 кг, а које прилажу мештани. До Великог четвртка свеће су изливане и спремане за предавање манастиру. На сам дан даривања, око 4 часа после подне, становници Зајаче и Корените, полазећи из својих села у Троношу, састајали су се поред чесме Девет Југовића, са околним мештанима и сви заједно обилазили један круг око цркве, након чега се постављали свеће са обе стране олтарских двери и које од тада горе целе године за време службе недељом и празником, све док не буду замењене новим. Када дође време замене, остаци воска старих свећа се стапа са новим и тако у њима буде макар мали делић свеће која је изливена прве године ове традиције.

У саставу манастирског комплекса, испред улаза у манастир, подигнута је и десетоцевна чесма, коју су по предању саградили браћа Југовићи и Југ-Богдан. Капела је посвећена великомученику Пантелејмону, у којој се и данас врши богослужење на Малу Госпојину. На њеним зидовима исписани су стихови који говоре о родољубљу девет Југовића, херојској погибији, али и тужбалица сестре Милице.

У част признања граница Београдског Пашалука и припајања Јадра Србији, 1833. је послато црквено звоно у манастир Троношу које је звонило у част слободе у прву недељу после 26. маја, а испаљено је и неколико плутона. Друга два звона, од којих су звоно „за покој душе краља Петра I и свих изгинулих“ поклонили мештани, а друго „за покој душе императора Николаја II“ руске избеглице које су живеле у Лозници, стигла су по свршетку I светског рата.

За време I светског рата, Церске и Гучевске битке, поред манастира налазила се болница у којој су се опорављали српски војници. Умрли војници сахрањивали су се у порти, а њихова имена су бележена. Као одмазду Аустроугари су, по повлачењу српске војске, скинули и уништили сва врата на манастиру, црквене књиге попалили, манастирску стоку отерали, а шуму посекли. Тадашњи игуман Тихон Иванчевић је ухапшен и после две године мучења у тамници обешен. Његови посмртни остаци пренесени су у Троношу 1926. године и сахрањени у порти.

Последње велико страдање манастир је задесило у II светском рату 12. октобра 1941. Немци су оскрнавили манастир заједно са свим пратећим објектима (амбар, конак) стоком и књигама. Потпуна обнова почела је 1964. године, када је игуман манастира постао Антоније Ђурђевић, који је неуморно радио са братијом на подизању порушеног манастирског конака и осталих економских зграда, као и порушене капеле светог великомученика Пантелејмона и чесме Девет Југовића све до 1987. године. Игуман Антоније, остао је упамћен и по томе што је одредио извлачењем 44. Патријарха СПЦ, Павла. Наиме, педесетих година, Павле и Антоније, боравили су као монаси у манастиру Рача поред Дрине. Једном приликом заједно су се купали у реци. Како Антоније није баш добро пливао, ухватио га је вир и не премишљајући се, Павле му је притекао у помоћ и извукао уплашеног Антонија који га је благосиљао. На то му је Павле благо одговорио: ’’Немој ми се захваљивати, можда ћеш и ти мене некад извући’’. Што се и обистинило, четрдесет година касније, када га је Антоније извукао за патријарха.

Троноша је данас женски манастир, у ком сестринство неуморно одржава манастирски комплекс, уз повремене прилоге имућних, али и скромних парохијана и помоћ при обављању сезонских али и свакодневних послова. Економију манастира подржава, поред израде икона и бројаница, продаје воћа, меда и вина са већ препознатљивом етикетом манастира, и продаја воде са чесме Девет Југовића, од које манастир добија одређен проценат, договорен са власником фабрике. За опстанак манастира свакако су најзаслужније монахиње без којих Троноша не би била оно што данас јесте, место одакле се несрећни враћају са осмехом на лицу, продуховљени, а срећни добију више елана за нове таласе живота.